核心技术缺乏，自主研发能力薄弱。我国对清洁能源的核心技术并未完全掌握，关键部件仍然依赖进口。比如，对风电新机型开发能力不足，控制系统、关键轴承等主要依靠进口，兆瓦级风电机组的国产化率不到30%；在太阳能硅原料的制造环节，发达国家提纯1千克多晶硅所需的费用约为20美元，我国企业的平均成本是50～60美元，而且，因为缺少先进的提纯技术还会产生二次污染。清洁能源汽车的核心技术研发现状也不乐观。我国清洁能源产业的科研力量相对薄弱，多数分散在大学等研究机构中，缺乏领军型的创新平台开展共性技术的研发。
开发成本偏高，市场发育进程缓慢。与常规能源成熟的技术和庞大的市场规模相比，清洁能源的开发利用成本普遍偏高。以发电技术为例，如果燃煤发电成本为1，则小水电的发电成本大约为1.2，生物质（沼气）发电为1.5，风力发电为2.3，光伏发电为4。高昂的成本是阻碍清洁能源市场化和商用化的直接原因。以光伏发电为例，我国的光伏电池产量占据全球市场三分之一的份额，但却有近90%是销往国外的，在国内形成不了完整的产业链。光伏电池产业化程度低，导致了光伏发电的高成本，没有了成本优势，缺乏经济效益，自然很难吸引更多投资者。再如，在水电开发方面，其开发步伐正在逐渐西移，项目多位于偏远地区、少数民族地区，施工难度大、外送距离长，征地、移民、环保等方面支出占投资总成本的比重不断攀升，而且项目专项审批核准越来越难，导致投资成本越来越高，开发难度越来越大。
政策法规滞后，产业发展亟待规范。
2006年我国出台了《可再生能源法》，2009年底又进行了修正，法律对清洁能源用电成本高、市场需求薄弱、产能过剩、缺乏规模效益等问题提出了具体措施，但这些法规的提出已明显滞后。与此同时，清洁能源产业的资源评价、技术标准、产品检测和认证体系均不完善，没有形成完备的技术服务体系。
尤其是风电和光伏等发电设备的技术标准匮乏，强制性检测和认证制度尚未建立，企业缺少技术准入门槛。这些都会导致资源分散，生产不连续，进而影响产业化规模。比如，太阳能企业因缺少市场准入标准而导致商家一哄而上，低价无序竞争，以牺牲产品质量和可靠性获得市场。再如，我国风电场的装机容量远未达到产业规模，生产企业多为单兵作战，导致生产局面和市场秩序的混乱。特别是目前清洁能源产业在全国范围内盲目跟风、重复建设的现象已经显现。例如，我国现已有18个省区提出要打造新能源基地，上百个城市提出把新能源作为经济增长点，个别省区甚至雄心勃勃地推出了打造上万亿元的新能源产业规划。这些情况都一再提醒我们，必须保持清醒的头脑，不要重蹈无序发展的覆辙。
